Para el cumplimiento de sus objetivos y el desarrollo de sus programas de trabajo, el CEUR realiza cuatro funciones principales, las cuales son: 

a) DIRECCION :

Según acuerdo del Consejo Superior Universitario de agosto de 1979 sobre la reestructuración orgánica del Centro, su Dirección está encomendada a los siguientes organismos: 

a.1 El Consejo Directivo, organismo máximo de dirección del Centro, el cuál depende del Consejo Superior Universitario, está integrado por el Decano de cada una de las Facultades participantes (Agronomía, Arquitectura, Ingeniería, Ciencias Jurídicas y Sociales, y Ciencias Económicas), más el Director del CEUR. 

a.2 El Director es el encargado de coordinar las políticas y administrar los programas, y a quién le compete la representación del CEUR. El cargo de Director se adjudica según los requisitos y procedimientos establecidos en el Estatuto de la Carrera Universitaria, y de acuerdo al Reglamento Interno del Centro.

b) INVESTIGACION:

En esta función se desarrolla un conjunto de programas y proyectos, aprobados al inicio de cada año e inscritos dentro de la política general del CEUR. De esa manera, el cuerpo técnico (integrado por el equipo de investigadores y auxiliares), propone un conjunto de prioridades de investigación a ser atendidos, presenta líneas temáticas específicas y los proyectos concretos por medio de los cuáles se realiza la producción de conocimientos, todo lo cuál es aprobado por el Consejo Directivo del Centro previo a su ejecución. 

c) EXTENSION:

En tanto que el CEUR es una unidad académica de la Universidad de San Carlos, que cuenta con el apoyo y la representación de las facultades que la integran, y según el acuerdo de su creación, puede realizar actividades de asistencia y cooperación, celebrar convenios, etc., previa sanción, de las autoridades universitarias, con instituciones científicas o de servicio siempre que sus objetivos y propósitos estén dentro del marco de acción del CEUR y los intereses de la Universidad. 

Dentro de las funciones de la Universidad la extensión merece especial importancia, por cuanto constituye un medio de proyección hacia toda la población del país. Por esa razón, las actividades de extensión del CEUR contemplan, además, una serie de acciones tales como participación en eventos, divulgación de conocimientos y de su quehacer, etc. 

d) ADMINISTRACION:

Tal como en otras instituciones, la administración será la función de apoyo para el mejor desarrollo y cumplimiento de sus fines. Bajo este propósitoso se realizan acciones tales como secretaría, tesorería, archivo, reproducción, documentación, biblioteca, mensajería, etc. 

e) RECURSOS: 

El Centro de Estudios Urbanos y Regionales obtiene sus recursos de financiamiento de las asignaciones presupuestarias ordinarias y extraordinarias, que anualmente programa la Universidad de San Carlos para las tareas de investigación científica que se desarrollan en su seno. 

Además, el CEUR puede contar con apoyos eventuales de otras instituciones, a través de convenios específicos, tal como se lo permiten sus objetivos, siempre que no se restrinja o condicione su quehacer investigativo y se preserve la autonomía universitaria.